Когда родился Ян Казимир Сапега точно не известно, есть только приблизительная дата 1672 год, и она возможно не точная, так как уже в 1682 он был назначен старостой Бобруйским. Он принадлежал к роду Сапег из черейско-ружанской лини, его отцом был Франтишек Стефан, занимавший должность великого конюшего литовского, а матерью была Анна Кристина Любомирская.
Что касается образования Яна Казимира Сапеги, то он с начало обучался в Варшаве, это было в 1685 году, а затем до 1692 года в Бранево. После учебы Сапега отправился в путешествие по Европе и побывал в таких странах как: Англия, Франция и Голландия. Вернулся Ян Казимир из Европы в 1697 году, и в этот же год его избрали послом от Берестейского воеводства на сейм.
В 1696 году в ВКЛ началась гражданская война между Сапегами и республиканцами во главе с Пацами, Радзивиллами, Огинскими и Вишневецким. Последние выступали против доминирования Сапег во власти. Однако, Ян Казимир Сапега в этой войне не участвовал и поэтому после поражения в битве под Олькениками и проигрыша войны Сапегами не подвергся репрессиям.
В 1703 году Сапега возглавил конфедерацию против шведов в Великой Польше, затем в 1704 году конфедерацию в Варшаве против короля Речи Посполитой Августа Сильного, целью которой было низложить Августа и избрать королем Станислава Лещинского. В этом же 1704 году проиграл российским войскам в битве под Шкудами. В 1705 году он участвует в сопровождении львовского архиепископа в Варшаву для коронации на престол Речи Посполитой Станисалава Лещинского.
В 1708 году Сапега был назначен на должность великого гетмана литовского, и в этой должности 12 апреля 1709 года выиграл сражение стороннику Августа Сильного гетмана польного Г. А. Огинского под Ляховичами. Однако, 13 мая 1709 года войска Спеги были разбиты русской армией возле Лидухова.
После поражения шведов под Полтавой, Станислав Лещинский был низложен и королем Речи Посполитой снова становится Август Сильный. Ян Казимир Сапега признал Августа и был им помилован, однако булавы великого гетмана он был лишен. В 1711 году Сапега снова выступил против Августа Сильного и снова был помилован. В 1716 году он в очередной раз участвует в Виленской конфедерации против Августа.
В 1721 году Ян Сапега приезжает в Санкт-Петербург на обручение своего сына Петра с Марией Александровной Меньшиковой, дочерью А. Д. Меншикова, и остается в России при дворе Екатерины I до 1728 года. За этот период он получил звание генерал-фельдмаршала, за то, что нашел и привез из Речи Посполитой сестру и брата императрицы. Так же его наградили орденом Святого Александра Невского и орденом Святого Апостола Андрея Первозванного.
Однако, после смерти Екатерины I Ян Казимир Сапега возвращается в Великое княжество Литовское что бы поддержать свой род в борьбе за власть в ВКЛ, но получилось у него это без особых успехов, и он умирает 22 февраля 1730 года по-прежнему оставаясь противником Августа II.