Родился Ян Геронимович Ходкевич в 1537 году в семье, жемойтского старосты, Геронима Ходкевича и его жены Анны Шемет. В доме родителей, Ян жил до 10 лет, после чего он отправился учиться.
В Краковский университет, Ян Геронимович поехал в 1547 году, а после Кракова он отправился учиться в Лейпцигский университет. Но в Лейпциге он до конца не доучится, так как интерес к военной науке был сильнее, и юный Ян, отправился на войну против Франции, в войсках германского императора Карла V. Там, Ян Геронимович, получил хороший военный опыт, в добавок, к его хорошему знанию польского и немецкого языка, а также истории и философии.
В 1559 году, после возвращения на родину, Ян получает от великого князя литовского Сигизмунда Августа, должность стольника, в его обязанности входила сервировка великокняжеского стола. На этой должности он пробыл не долго, и в конце года, великий князь назначает его гетманом, над отрядом из 500 всадников, и отправляет защищать ливонский замок Люцин.
В замке, Ян Геронимович пробудит два года, до смерти своего отца в 1561 году. Жемойтская шляхта, после смерти отца Яна, станет просить великого князя назначить старостой Яна Геронимовича, но Сигизмунд Август не сразу согласится назначить Яна на эту должность, лишь в конце 1563 года, великий князь согласился дать должность, жемойтского старосты, Яну Геронимовичу Ходкевичу.
За это время, Ян Геронимович показал себя как талантливый и умный политик, который служил своей родине. В 1564 году по просьбе Тарбского сойма, Ян Геронимович, за свой счёт выставил 1200 всадников для защиты Ливонии.
В 1566 году Ян Геронимович, активно участвует в подготовке посольства в Москву для мирных переговоров, за что от великого князя, получает должность земского маршалка.
По решению Берестейского сойма в 1566 году, Яна Геронимовича Ходкевича отправляют управлять Ливонией, которую стремились захватить соседи. 5 октября 1566 года в Кукейносе, Ян официально стал управлять Ливонией.
За время своего правления этим краем, ему удалось подкрепить желание ливонцев, быть в составе Литвы, а так же организовать оборону края и разбить шведский отряд, после чего шведы долго не пытались нападать.
Ян Геронимович так же проявился и своей мужественностью, при штурме замка Улы. Его шляхетское войско, не очень желало воевать, и тем более идти на штурм, и тогда, Ян Геронимоивич, сам лично, повёл своих солдат на штурм замка. Не смотря на то, что в итоге, ему пришлось снять осаду, он получает от великого князя литовского, за проявленное мужество, титул графа и города во владения: Быхов, Шклов, Глуск и Мыши, а также, о нём, как о мужественном и смелом человеке, отзывался Иван Грозный.
Не только своей мужественностью, талантом политика и полководца, отличался Ян Геронимович, но и своей красноречивостью. Не раз ему доводилось выступать на соймах, от имени великого княжества литовского, во время подписания Люблинской унии. Ян Ходкевич, так же возглавлял делегации от панов рады, на эти соймы, и как защитник интересов ВКЛ, старался всеми возможными путями сделать так, что бы при создании единого государства с Польшей, Литва понесла как можно меньше ущерба своим интересам.
Пика своей славы и могущества, Ян Геронимович Ходкевич, добивается во время вторых выборов короля Речи Посполитой, в период с 1674 по 1676 год. Пока сейм выбирал нового короля, в ВКЛ без печати и слова Яна Геранимовича, не принималось ни одно решение, фактически, он в этот период, управлял великим княжеством литовским.
Он же возглавил делегацию от ВКЛ на сейм, на котором выбрали нового короля Речи Посполитой, Стефана Батория. Ян Геронимович Ходкевич сначала не был на стороне Батория, но потом, разочаровавшись в других кандидатах на королевский трон, решил поддержать Батория, и смог убедить магнатов и шляху Литвы поступить так же.
Со Стефаном Баторием у Яна Геронимовича, сложились хорошие отношения с перовой же встречи, которая произошла на границе Речи Посполитой, куда Ян Геронимович, лично, поехал встречать Батория.
Он так же, лично, поехал к Стефану Баторию, когда тот осадил Гданьск и убедил снять осаду с города, для того, что бы направить все силы на войну с Москвой, которая захватила Ливонию и угрожала ВКЛ.
С разу же после Гданьска, будучи больным, он поехал в Ливонию и возглавил войска. Однако, спустя небольшое время, понимая, что из-за болезни, он не может командовать войсками, в мае 1578 года он отказался от должности администратора Ливонии, и уехал в Вильно, где 4 августа 1579 года умер в своём дворце.