Ян Янович Глебович родился в 1544 году. Его отцом был Виленский воевода и канцлер ВКЛ Ян Юрьевич Глебович, а матерью Алена из Заславских. Род Глебовичей пошел от Монвида (Манивида), который был виленским воеводой во времена князя Ягайлы, а потом стал ближайшим соратником Великого князя Литовского Витовта.
Отец Яна Глебовича умер в 1549 году и воспитанием мальчика занималась его мать. В период с 1660 по 1661 год юный Глебович находился при королевском дворе Сигизмунда Августа. В 1563 он уже служит ротмистром в Полоцке под командованием местного воеводы Станислава Довойны. Проявил себя в обороне города от войск Ивана Грозного, которые осадили город 31 января 1563 года. Несмотря на сильное сопротивление московским войскам удалось взять город, а сам Глебович попал в плен.
В плену Ян Глебович стал выполнять функции переводчика, так как он единственный знал русский язык. Он выступал от имен пленных и участвовал в переговорах между Иваном Грозным и посольством от Сигизмунда Августа. Помимо перевода, он вел тайную переписку с послами от Сигизмунда, и одно из его тайных писем было перехвачено людьми Грозного. Московский царь, решил воспользоваться этим и вместо каких-либо последствий для него предложил Глебовичу служить ему.
Так как переговоры об обмене и освобождении из московского плена литовских и польских пленных шли очень трудно, а Грозный все время угрожала сослать их в дальние провинции Московского княжества, где условия содержания пленных были весьма плохими, Ян Глебович согласился на службу Ивану Грозному, чтобы хоть таким способом освободится из плена и помочь другим пленным.
После подписания бумаг о том, что Глебович согласен служить Ивану Грозному, его осенью 1565 года отпускают из плена. По прибытию в Литву, он сразу же рассказал Сигизмунду Августу от том что был вынужден подписать это соглашение, чтобы выйти из плена, и о том, что должен был в Литве вербовать людей для службы Московскому княжеству.
Несмотря на то что Великий князь Литовский и король польский Сигизмунд Август, доверял Яну Глебовичу, однако вынужден был согласиться на проведения судебного процесса над ним, из-за его признания о подписанных бумагах об службе Московскому царю. Точно не известно кем был инициирован это процесс, возможно недоброжелателями и литовским великим маршалком Яном Ходкевичем, с которым у него были прохладные отношения, а возможно Ходкевич, в виду своей должности был вынужден вызвать его в суд, что соблюсти все формальности. Так или иначе Сигизмунд Август, оправдал Глебовеча, аргументируя это тем, что он подписал эти бумаги под принуждением, что не может считаться изменой, тем более он сразу же по прибытию в Литву из московского плена рассказал об этом.
Несмотря на весь этот судебный процесс, Ян Глебович продолжил свою государственную и военную карьеру. В 1571 году его назначили каштеляном минским, в 1575 году старостой аникштским, 1576 году старостой радошковицким, в 1580 году подскарбием литовским, в 1585 году каштеляном трокским и в 1586 году воеводой трокским.
Хотя Глебович, как военный и принимал участие в 1579 году в освобождении Полоцка, взятия Великих Лук и осаде Пскова, он больше всего занимался государственной деятельностью, где достиг больших успехов. Он принимал участия в принятии Люблинской унии, играл не маловажную роль в выборе королей Речи Посполитой; Генриха Валуа, Стефана Батория и во время избрания Сигизмунда Вазы возглавлял делегацию с требование подписать третий статут ВКЛ. Помимо этого без него не обходились ни одни переговоры и подписания каких-либо документов с Московским княжеством, которые он, как правило, и возглавлял.
Помимо основной деятельности, Глебович так же занимался и меценатством и будучи сначала католиком, который перешел в кальвинизм, был одним из тех, кто пожертвовал на кальвинистский собор в Вильно, а также за собственные средства построил кальвинистский собор в Минске и в Заславле, где по его приглашение некоторое время работал философ и теолог Симон Будный.
Был женат на дочери воеводы иновроцлавского Яна Эразма Кротоского, Екатерине. В браке у них родилось двое сыновей Ян и Николай. Умер Ян Янович Глебович в 1590 году.