Януш Кишка родился около 1586-го года в семье старосты жемойтского Станислава III Кишки и Эльжбеты Сапеги. До 1603-го года он учился в Виленской академии, именно в этот период обучения Януш меняет вероисповедание, переходя из кальвинизма в католичество. В 1604-ом году начал военную службу под командованием Яна Карла Ходкевича во время войны Речи Посполитой со Швецией. Участвовал в битве под Киргхгольмом во главе собственного отряда в волонтёрской хоругви.
1 апреля 1609 года возглавляя гусарскую хоругвь, Януш Кишка принимает участие во взятии Пернавы (сегодня Пярну, Эстония). Пройдя 200 км за 6 дней по лесам и бездорожью... Когда войска подобрались к городу, солдатам даже не разрешили развести костры, чтобы согреться (дело было в феврале). Ночной штурм стал подной неожиданностью для шведов, сопротивляться было бесполезно. После освобождения города Януш Кишка остался в городском гарнизоне и получил должность старосты Пернавы.
В войсках под командованием Яна Карла Ходкевича в 1611-ом году, во главе ливонского полка, Януш участвовал в походе на Москву во время войны Речи Посполитой с Московским царством. Им было разбито мощное московское войско, шедшее на помощь осажденному Смоленску. Вместе с Лисовским совершил рейд до Стародуба (ныне город в Брянской области, Россия) в 1615 году. В 1618-ом году он вновь участвует в походе на Москву на этот раз в составе войск Владислава IV. В 1621 сражался в битве под Хотином во главе собственной хоругви. По возращению из Хотима сразу же был назначен воеводой Полоцким.
В следующем 1622 году под командованием нового Великого Гетмана Литовского Христофора Радзивилла Януш Кишка воевал против шведов в Ливонии. Летом этого же года во главе гусаров отличился в боях под Митавой (ныне Елгава, Латвия).
Во время наступившего мирного десятилетия Януш Кишка учится в Падуанском университете в Италии и наводит порядок в своем имении в местечке Кривичи Ошмянского повета. Во время очередной войны с Москвой в 1633 году на собственные деньги он нанимает 100 казаков. Зимой этого же года защищает Полоцк от московских войск под командованием воеводы Михаила Шейна. Также он принял участие в победных боях под Смоленском. После войны в 1635 году королем Речи Посполитой Януш был назначен Польным гетманом Литовским.
В 1640 году Януш Кишка принимает должность старосты Дриссы (сегодня Верхнедвинск, Витебская область, Беларусь). А 17 июля 1646 Владислав IV, король Речи Посполитой, несмотря на тяжелую болезнь Януша назначает его Великим Гетманом Литовским. Ровно через два года начинается восстание Богдана Хмельницкого, однако из-за своей болезни, Кишка не может полноценно участвовать в подавлении мятежа. Фактически вел тогда армию Януш Радзивилл.
Януш Кишка умер 13 января 1654 года в своем имении в Кривичах (сегодня Мядельский район, Минская область, Беларусь). Он был женат Кристине Друцкой-Соколинской, но детей у них не было. За свою жизнь успел основать два католических костёла:, первый в 1620 году - костел Девы Марии Руженцовой (иначе костел Пресвятой Девы Марии Розарии) в местечке Солы Ошмянского повета (сегодня агрогородок в Гродненской области, Беларусь) и второй в 1643 году - костел Вознесения Пресвятой Девы Марии в деревне Будслав (Мядельский район, Минская область, Беларусь).