Вопрос о подписании унии с Польской короной в ВКЛ возникал ни раз, однако так остро в поддержки Польши, Литва ни когда не нуждалась, как во время Ливонской войны. Все прошлые попытки Польши присоединить ВКЛ к себе были провалены, так как шляхта и великие князья были не заинтересованы в тех условиях, которые им предлагались в этой унии, несмотря на то, что многим из шляхты Литвы, эта уния была выгодна.
Участие ВКЛ в Ливонской войне изменила равновесие в объединительном процессе двух держав, если раньше, уния была больше нужна Польше, то теперь части шляхты стало очевидно, что сил на войну с Москвой у ВКЛ не хвати, и это может оказаться катастрофическими последствиями для Литвы.
Начало подготовки к унии, положил подписанный акт Литовской шляхтой, на полевом сейме возле Витебска 13.09.1562 года. В акте, шляхта просила великого князя заключить унию с Польшей, а так же выражалось желание иметь с Польской короной общий сейм, в месте с польской шляхтой выбирать короля, а главное пользоваться одинаковыми правами и вместе воевать с врагами.
Не всем была выгодна уния, против неё выступила основная часть магнатов во главе с виленским воеводой, канцлером и маршалком земским Радивилом Чёрным, которая не хотела терять свои политические позиции в управлении государством и свои гражданские привилеи, в пользу общей массе шляхты в нутрии ВКЛ.
На виленском сейме 1563 года был рассмотрен вопрос об унии с Польшей, и была выбрана делегация для переговоров с Польским сеймом. Магнатам удалось включить в инструкцию для переговоров пункты, которые сохраняли за ВКЛ целостность, обособленность и значительную роль самостоятельности. Объявление войны и международных договоров должны были предварительно оговариваться двумя державами. Совместные сеймы могли проводиться только в исключительных случаях. Сеймы, государственные должности, учреждения и суды оставались отдельными. На общем семе выбирался один король, который так же, становился и великим князем Литовским, однако коронация должна было проходить отдельно в Кракове и Вильне.
Начался долгий и мучительный процесс подписания унии, так как польские магнаты и шляхта хотели полной инкорпорации ВКЛ, а шляхта Литвы не желала терять свои привилеи и имущество. Понадобилась очень много сеймов, что бы прийти к трудному, но общему соглашению по унии. Сеймы проходили в Варшаве 1563-1564 год, Бельске 1564 год, Парчаве, не смогли договориться на Берестейском и полевом сейме под Лебедево в 1566 году. И только 1 июля 1569 года в Люблине стороны смогли договориться и подписать Люблинскую унию. Все пункты, которые были включены магнатами ВКЛ в инструкции для переговоров, вошли в унию, однако взамен им пришлось уступить Подляшье и Украинские земли ВКЛ.
Люблинская уния оглашала, что на карте мира появилась новое государство – Речь Посполитая. Во главе Речи Посполитой был король, которого пожизненно выбирала шляхта двух народов. Был создан для всего государства магнатско-шляхетский сейм, который состоял из двух палат: Сената (магнаты, представители центральной и провинциальной администрации, верхи католической церкви) и Посольской Избы куда выбирали по два посла от каждого павета. Прошлые привилеи феодалам оставались в обеих державах, оба государства сохраняли суверенитет, собственную государственную административную, войска, казну и права эмиссии одинаковой монеты, судебный аппарат, свои законы и таможенную систему. Каждая сторона имела свой государственный язык: Польша – латинский, ВКЛ — белорусский. Отдельным актом от 3.08.1569 года, Курляндское и Земгальское герцогства были объявлены вассалами Польши и ВКЛ, Ливония совместным владением (Кондоминиумом).
7 июля 1572 года умирает Сигизмунд Август, на его место, королём выбирают Генриха Валуа, который был братом французского короля Карла IX. Однако он не долго был королём Речи Посполитой, спустя три месяца, узнав, что его брат умер, Генриха Валуа ночью сбежал во Францию, и стал французским королём Генрихом III. Следующим королём Польши и ВКЛ, был выбран трансильванский князь Стефан Баторий.
Воспользовавшись тяжёлым политическим положением в Речи Посполитой. Иван Грозный возобновляет военные действия в Ливонии и оккупирует территорию от Динабурга до Риги. В 1579 году 40 тысячное войско Речи Посполитой, во главе со Стефаном Баторием, отрезав Московские войска в Ливонии, подошли к Полоцку. Спустя 26 дней осады, Полоцк был освобождён, а с ним так же были взяты замки: Казяны, Ситна и Красный. В следующую военную компанию, войска Батория заняли Усвяж, Велиж, осенью 1580 года – Великие Луки, Невель, Заволочье, Озерище, а в конце года Холм и Старую Русу. В 1581 году. Московские войска опустошили земли возле Дубровны, Орши. Копыси, Шклова и Могилёва, а 26 августа, этого же года, Стефан Баторий осадил Псков. Осада Пскова закончилась не удачей, 15.01.1582 года Речь Посполитая и Княжество Московское подписали Ям-Запольское перемирие на 10 лет. По результатам Ям-Запольского мира Москва отказывалась от Ливонии, Полоцка и Велижа, а Речь Посполитая возвращала ей завоеванные крепости на территории Московского княжества.