К середине 16 века над Ливонией нависла угроза со стороны Московского княжества, царь Иван Грозный собирался захватить ее. Великий князь Литовский и король польский Сигизмунд Август посчитали, что захват Ливонии будет опасен для ВКЛ, так как, завладев ею, Московское княжество получит удобный плацдарм, с которого легко можно ударить по Вильно и по Полоцку.
В 1559 году в Ригу был направлен Николай Радзивилл Черный для переговоров с рижанами о их переходе под власть ВКЛ, однако Радзивилу не удалось их убедить, поскольку они не верили в возможность ВКЛ противостоять московитам без поддержки Польши, которая на тот момент ещё не дала своего решения.
В конце августа 1559 года, в Вильно, созвали вальный сейм, на котором было получено разрешение на сбор земских податей и на отправку войск для защиты Ливонии. Присутствовавшим на сейме ливонцам объяснили, что сложившаяся ситуация не позволяет ждать решения Польши. Скорое окончание перемирия с Москвой повлияло на ливонцев, и они согласились пойти на вынужденные уступки ВКЛ.
Договор между ВКЛ и Ливонией был заключен в Вильно 31 августа 1559 года. По Виленскому договору Магистр Ливонского ордена Готард Кетлер и архиепископ Вильгельм со всеми своими владениями уходили под опеку ВКЛ. В ответ Сигизмунд Август обещал оборонять Ливонию от Московского княжества и вернуть все земли, захваченные Москвой.
Кроме этого, для обеспечения обороны Ливонский орден отдавал ВКЛ свои юго-восточные земли с замками Дюнабург (Даугавпилс), Бауска, Люцин (Лудза), Зельзбург, Розитен (Резекне), Леневард и Мариенхаузен, а также поместья Берзен и Любано. За Ливонским орденом сохранялось право после окончания войны выкупить свои владения, а в случае не возобновления войны выкуп не требовался. Виленский договор фактически объявлял Ливонский орден вассалом ВКЛ, при этом сохраняя его государственность.