К 1561-му году положение Ливонии окончательно ухудшилось, Кроме Московского княжества, претендующего на ее земли, к захвату и грабежу территорий присоединилась Швеция. Ливонскому ордену пришлось пожертвовать Таллином и отдать его шведам, чтобы те не объявили войну.
Князь Николай Радзивилл Черный, видя, что судьба независимой Ливонии уже фактически решена, тоже решил воспользоваться их положением и присоединить остатки Ливонии к ВКЛ. Того же мнения придерживался и великий князь Литовский и король польский Сигизмунд Август, который пока не мог определиться, к ВКЛ или Польше лучше присоединить Ливонию. По просьбе Радзивилла он написал магистру ливонского ордена о том, что подписанный между ними в 1559-ом году Виленский договор исчерпал себя в условиях нынешней реальности и необходимо заключить новое соглашение.
Ливония согласилась с предложением ВКЛ, и в Ригу для переговоров вновь направился Николай Радзивилл Черный. 23 августа 1561-го года Радзивилл вошёл в город с огромной свитой в 900-т человек, а 8 сентября был издан акт о предоставлении рижанам политических и конфессиональных гарантий. И хотя рижане не захотели сразу присоединиться к ВКЛ, однако уже не были так категоричны и не отвергали данную идею, как это было в 1559-ом году. Несмотря на отказ, почва для присоединения Ливонии к ВКЛ было создана, и в середине октября 1561 года представители Ливонии во главе с Магистром Ливонского ордена Готардом Кеттлером и архиепископом Вильгельмом прибыли в Вильно.
Был созван сейм, на котором присутствовал и Сигузмунд Август. Рижане потребовали, чтобы на них так же распространялась опека Польши. Однако поляки уклонились от данного обязательства, и Сигизмунд Август предоставил ВКЛ возможность решить ливонский вопрос без участия Польши. И хотя Рига отказалась участвовать в соглашении, все же Магистр Ливонского ордена и рижский архиепископ согласились принять условия ВКЛ.
Второй Виленнский договор, известный так же как «Pacta Subjectionis», был заключен 28 ноября 1561-го года. По Виленскому договору 1561-го года Ливония, за исключением Риги, присоединялась к Великому княжеству Литовскому на правах автономной провинции, Ливонский орден упразднялся, а магистр Ливонского ордена становился светским герцогом. Договором гарантировались права ливонцев на сохранение существующего строя и свобода исповедования лютеранства. Территория Ливонии делилась на две части, которые разделялись рекой Двиной. Правобережная часть получила название Задвинское княжество и переходила под власть ВКЛ и Сигизмунда Августа, а её администраторам назначался герцог Готард Кеттлер. Левобережная часть была поделена на герцогство Курляндское и герцогство Земгальское, которыми должны были управлять представители семьи Кеттлера до полного прекращения рода. Кроме того ливонцы могли бить свою монету, были освобождены от налогов на неопределённое время из-за войны, а судебные органы получали автономный статут.
Что же касается Риги, которая осталась независимым городом, то 17 марта 1561 года, рижане всё-таки согласились присягнуть на верность Сигизмунду Августу с условием, что на них все же будет распространяться и опека Польши, в противном случае присяга будет считаться не действительной.