Станислав родился около 1451 года в семье старосты жмудтского, каштеляна тротского и виленского Яна Кезгайло. Его род принадлежал к старому литвинскому боярству, который был крещен в католичество после 1385 года и имел, греб «Задора». Родоначальником рода является боярин по имени Кезгайло, наместник вилькамирский, староста жмудтский, каштелян виленский живший с 1380 по 1449 год.
После смерти своего отца Станислав Кезгайло так же занимал его должности. В 1486 году он стал старостой жмудским, в 1499 каштеляном тротским и в 1522 виленским. Активно занимался государственной деятельностью. Принимал участие в подписании вечного мира Литвы с Московским княжеством, и 5 февраля 1494 года поставил свою подпись в это договоре. Помимо этого, выполнял личные поручения великого князя Литовского Александра и сватал его за Елену, дочь московского князя Иван III Васильевича.
В 1501 году Станислав Янович Кезгайло был временно назначен на должность великого гетмана литовского, в связи с нахождением Константина Острожского в московском плену. В этой должности пробыл не долго, и в 1503 она перешла к Станиславу Кишке.
Станислав Кезгайло был трижды женат и у него было четверо детей: трое сыновей Михаил, Ян и Станислав (староста жмудтский, каштелян тротский, один из самых крупных магнатов) и самая младшая дочь Барбара, которая потом вышла замуж за Яна Заберезенского.
Умер Станислав Янович Кезгайло в 1527 году в Вильно и там же был похоронен.